La Sala 6 del Museo del Templo Mayor, llamada «Flora y Fauna», exhibe restos de plantas y animales que se encontraron en las ofrendas del Templo Mayor y otros edificios del Recinto Sagrado. Los restos de flora y fauna encontrados proporcionan información sobre los ecosistemas y el modo de vida de los mexicas.
Al entrar en la Sala 6 del Museo del Templo mayor, dedicada a la Flora y la fauna que habitaron en la ciudad de la Gran Tenochtitlan, el visitante encuentra un renovado discurso museográfico que busca provocar la imaginación del espectador para que entre en contacto con lo que fue la vida cotidiana de los mexicas y el uso que dieron a los recursos naturales con que contaban, así como la asociación que hicieron con su cosmovisión; piezas nuevas y reconstrucciones de animales, que eran usados para realizar rituales o bien para su consumo y crianza, son ahora apreciados en este espacio.
Algunas de las temáticas en que está dividida la museografía son la taxidermia, así como piezas inéditas, entre ellas un peto de papel amate, textiles y una escultura en roca volcánica de una cabeza de águila, que conserva sus colores originales.
La sala está dividida en diez temáticas: La Arqueobiología, La Ofrenda 102, El Clima Templado, El Bosque Espinoso, Los Cuerpos Lacustres, El Bosque Tropical Caducifolio, El Bosque Tropical Perinifolio, Los Litorales, Aprovechamiento de Recursos Marinos y La Taxidermia.
La Sala 6 originalmente contenía 80 piezas, que daban cuenta de los estudios realizados sobre los temas relacionados sobre la biodiversidad que existió en la época prehispánica; mientras que con este trabajo de remodelación se han incrementado a 338 objetos que incluyen restos botánicos de algodón, agave, chía; huesos de animales como pumas, águilas reales, lobos, entre otros y materiales arqueológicos, como esculturas en piedra, piezas de madera o representaciones de animales y plantas locales.
Los especialistas que descubrieron y estudiaron estos objetos, han desarrollado su trabajo de exploración arqueológica (así como de otras disciplinas específicas), que del Templo Mayor se han seguido realizado; la mayoría de las obras que se exponen ahora pertenecen a la Temporada 7, una de las más importantes, que fue desarrollada en la Casa de Las Ajaracas, construcción virreinal que se encuentra frente al Museo de este sitio.
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